Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2005-ci il 1 fevral tarixli 187 nömrəli Fərmanı ilə təsdiq edilmiş Əsasnaməyə uyğun olaraq Komitənin əsas vəzifələri qaçqınların, məcburi köçkünlərin və qaçqın statusu almaq niyyətində olan (sığınacaq axtaran) şəxslərin müvəqqəti məskunlaşdırılması, repatriasiyası, sosial müdafiəsi, işğaldan azad olunmuş ərazilərdə onların sosial, mənzil-məişət şəraitinin yaxşılaşdırılması, Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi ilə müəyyən edilmiş qaydada və əsaslarla “qaçqın” və ya “məcburi köçkün” statusu, həmin statusu təsdiq edən.

Sənəd (vəsiqə) vermək və bu statusdan məhrum etmək, qaçqın və məcburi köçkün düşmüş şəxslərin hüquqlarının kütləvi şəkildə pozulması faktının beynəlxalq və yerli ictimaiyyətə çatdırılmasını aidiyyəti icra hakimiyyəti orqanları vasitəsilə həyata keçirmək, məskunlaşma yerləri üzrə qaçqınların və məcburi köçkünlərin uçotunu aparmaq, onlar haqqında vahid informasiya bazasının yaradılmasını təşkil etmək, müvəqqəti məskunlaşdıqları yerlərdə və repatriasiya dövründə müxtəlif növ reabilitasiya və reinteqrasiya tədbirlərini həyata keçirmək, məşğulluğun artırılması, yoxsulluğun azaldılması, qaçqınların və məcburi köçkünlərin məcburi tərk etdikləri yaşayış yerlərinə qayıtmalarına şərait yaratmaq məqsədi ilə müvafiq dövlət orqanları, beynəlxalq və qeyri-hökumət təşkilatları ilə məqsədyönlü iş aparılması, onlar üçün mənzil və sosial obyektlərin, təmir-tikinti işlərinin aparılması, tikinti obyektlərini müvafiq layihə-smeta sənədləri ilə təminatı və s. problemlərin həlli sahəsində dövlət siyasətinin formalaşmasında iştirak etmək və onun həyata keçirilməsini təmin etməkdən ibarətdir.